Pemeriksaan mikrobiologi lingkungan adalah kegiatan pemeriksaan laboratorium untuk mendeteksi, mengidentifikasi, dan/atau menghitung mikroorganisme yang terdapat dalam sampel lingkungan, seperti air, makanan, dan media lingkungan lainnya, guna mengetahui tingkat cemaran mikrobiologis dan menilai kesesuaiannya dengan persyaratan kesehatan atau baku mutu yang berlaku.

Di Labkesda, pemeriksaan mikrobiologi lingkungan dapat mencakup pemeriksaan:

Tujuan utamanya adalah mengetahui ada atau tidaknya mikroorganisme indikator maupun mikroorganisme patogen yang berpotensi menimbulkan gangguan kesehatan masyarakat.